אינקוויזיציה
במאה ה-13 הקימה הכנסייה הנוצרית את האינקוויזיציה נגד נוצרים שהיה ספק בדתיותם. בסוף המאה ה-15 הקימו מלכי ספרד (ופורטוגל) את האינקוויזיציה נגד האנוסים שנחשדו כנאמנים ליהדות, חקרה אותם בעינויים והוציאה רבים מהם להורג בשריפה.
האינקוויזיציה הוקמה על ידי האפיפיור גריגוריוס התשיעי במאה ה-13 נגד אותם נוצרים שלא היו נאמנים לדתם. באותו שלב הייתה האינקוויזיציה מוסד פנים-נוצרי שסמכותו חלה על נוצרים בלבד – ולא על יהודים או מוסלמים. בספרד הוקמה האינקוויזיציה בשנת 1480 בהוראת המלכים פרננדו ואיסבל. עד לשנת 1482 ניסה האפיפיור להמשיך ולהשליט את מרותו על ספרד ולהפעיל אותה על פי שיקולי הכנסייה ביחסה כלפי האנוסים. אך בעיני השלטון הקתולי היה יחס זה מתון וסלחני מדי.
בשנת 1483 הכריזו מלכי ספרד על האינקוויזיציה כגוף הכפוף לסמכותם, והעמידו בראשה את האינקוויזיטור תומס די טורקימדה. האינקוויזיציה בספרד הוקמה כדי לחשוף את חוסר נאמנותם של האנוסים לכנסייה ואת קשריהם עם היהודים. תחילה הציעה האינקוויזיציה לאנוסים לבוא מיוזמתם ולהתוודות על חוסר נאמנותם ופטרה אותם בעונשים קלים יחסית. אך תוך זמן קצר עברה לשלב החקירות, שנעשו בעינויים קשים והסתיימו בדרך כלל בהוצאה להורג (בשריפה). האינקוויזיציה בספרד פעלה תחילה רק נגד אנוסים יהודים, אבל כ-25 שנה אחר כך החלה לפעול גם נגד מוסלמים שהתנצרו ובהמשך גם נגד הנוצרים הפרוטסנטים. האינקוויזיציה בספרד בוטלה כ-350 שנה אחרי הקמתה (1834).
האינקוויזיציה בפורטוגל הוקמה בשנת 1536 בעקבות לחציהם של שליטי ספרד ושל ראשי הכנסייה בפורטוגל. אחיו של מלך פורטוגל התמנה לראש האינקוויזיציה, שפעלה בדומה לאינקוויזיציה בספרד אך גילתה יחס אכזרי יותר כלפי האנוסים בפורטוגל. מניחים כי האינקוויזיציה בפורטוגל פעלה בעיקר ממניעים של בצע כסף – ולאו דווקא ממניעים דתיים: רכושם של האנוסים בפורטוגל שנאשמו בכפירה הוחרם בידי האינקוויזיציה. האינקוויזיציה הציעה שוחד רב תמורת עדויות מפלילות נגד אנוסים, והם הועלו על המוקד בטקסי שריפה המונים. האינקוויזיציה בפורטוגל בוטלה סופית בשנת 1821.